Kapsülün sağladığı radyofrekans dalgaları, kişinin üzerine giydirilen bir yelekteki kaydedici aracılığıyla daimi olarak algılanır. 6 ila 8 saatlik kayıt işlemi sonrasında; kişi, üstündeki kaydediciyi işlemi takip eden hastaneye veya kliniğe getirir. Kaydedicinin sakladığı veriler, bilgisayar programına aktarılır ve renkli binlerce görüntü bilgisayarda değerlendirilebilir hale gelmiş olur. Bu metot; ince bağırsak iltihapları, polipler, tümörler, gizli kanama ve demir eksikliğine yol açan damarsal anomalilerin teşhisinde kullanılabilir.
Ağrısız bir uygulama olan kapsül endoskopi uygulama sürecinde; atlama ve zıplama gibi aktivitelerden mümkün olduğu kadar uzak durulmalı. Ancak oturma ve yatmadan da bir o kadar kaçınılarak hareketli olunması gerekiyor. Kayıt süresinin ortalama 6 - 8 saat aralığında olduğunu ve bağırsaktaki kapsülün 12 - 24 saat içinde dışarıya atılıyor olduğunu söyleyebiliriz. Çok nadir olmakla birlikte; kapsülün vücuttan uzaklaştırılma süresi 15 güne kadar uzayabilir. İşlemi geçiren hastaların %0,5 ila %2’lik bir kısmında, kapsülün bağırsaklardan atılamadığı gözlemlenmiştir. Böyle bir durumda; kapsüle müdahale edilerek uzaklaştırılması sağlanır.
İnce bağırsakları incelemeye olanak sağlayan kapsül endoskopi genellikle; dışkıda gizli kan varlığının beraberindeki demir eksikliği durumunda gastroskopi ve kolonoskopi ile bir sebep bulunamadığı zaman yapılır.